第二表＞住民税＞「特定配当等・特定株式等譲渡所得の全部の申告不要」にチェックを入れているが、「非上場株式の少額配当等」・「配当割控除額」・「株式等譲渡所得割額控除額」が計算されています。

「特定配当等・特定株式等譲渡所得の全部の申告不要」のチェックが入っていても、「非上場株式の少額配当等」・「配当割控除額」・「株式等譲渡所得割額控除額」の自動判定はしておりません。
第三者作成書類からの連動等で該当欄に金額が入っている場合は、お手数ですが削除してください。
なお、［申告書チェック］およびF12［終了］時にチェックをおこない、要件等に問題がある場合は警告メッセージを表示します。

申告書チェック機能の詳細はこちらをご参照ください。