本人親族情報画面で16歳未満の親族を登録しているが、第二表＞「配偶者や親族に関する事項（(20)～(23)）」＞「住民税」＞16歳未満の扶養親族にチェックが付きません。

メニューバー［基本情報］＞「本人親族情報」＞「親族情報の設定」において扶養区分が「調整控除対象」の場合、扶養親族が16歳未満であっても「16」欄にチェックされません。
「配偶者情報の設定」および「親族情報の設定」において扶養区分が「調整控除対象」の場合、「調整」と同時にチェックが付くのは「別居」のみとなります。