分離課税で「譲渡所得の内訳書（土地・建物用）」を選択して入力しましたが、第三表に連動してきません。

「譲渡所得の内訳書（土地・建物用）」＞「3面」＞「4 譲渡所得金額の計算をします。」の左側の「区分」をプルダウンリストから選択してください。
第三表の該当区分に連動します。