第三者作成書類の「配当所得等に係る支払通知書の記載事項」から第一表の配当控除欄に金額が連動しません。

メニューバー［基本情報］＞「申告単位情報」＞「配当（上場）課税方法」が「総合」になっているかどうかご確認ください。