損益計算書の各科目の金額と内訳で入力した金額の差異がないかチェックすることはできますか？

可能です。

青色申告決算書（収支内訳書）の画面上部にある［内訳チェック］をクリックすると、事業ごとに内訳と損益計算書の差額を確認する画面が表示されます。
差額が発生している場合は、内訳の金額を損益計算書に転記することも可能です。

操作方法の詳細についてはこちらをご参照ください。