本人親族情報入力しても、第二表＞配偶者や親族に関する事項に反映されません。

メニューバー［基本情報］＞「本人親族情報」画面で入力した扶養親族の扶養区分が選択されていないと第二表に反映されません。
扶養区分を選択後、F5［保存］をクリックして第二表をご確認ください。