「予定納税額の計算」の住民税のところに、「指定都市に該当（税源移譲）」というチェックボックスがありますが、これは何ですか？

県費負担教職員の給与負担等の道府県から指定都市への移譲に伴い、平成30年度以降、指定都市において個人住民税所得割の道府県民税と市民税の割合が変更になった（退職所得を除く）ことに対応するものです。
納税者の自治体コードが指定都市に該当する場合に自動的にチェックが入り、指定都市の市民税:道府県民税の割合（8:2）となるよう計算をおこないます。
チェックがない場合は、従来の割合（6:4）での計算をおこないます。