青色申告決算書＞農業所得用＞1頁目の損益計算書＞「(48)のうち、肉用牛について特例の適用を受ける金額」に入力しても、第一表＞収入金額等＞「(イ) 農業」、および所得金額等＞「(2) 農業」が適用を受ける金額を差し引いた金額になりません。

「肉用牛の売却による所得の税額計算書」に対応していないため、第一表＞「(イ) 農業」、および「(2) 農業」は適用を受ける金額を差し引いた金額にはなりません。
お手数ですが、必要に応じて、第一表＞「(イ) 農業」、および「(2) 農業」を訂正してください。