所得税申告書第二表の「所得の内訳（所得税及び復興特別所得税の源泉徴収税額）」、「総合課税の譲渡所得、一時所得に関する事項」がグレーアウトしていて入力ができません。

添付書類の「所得の内訳書」から連動するため、帳票選択されている場合は所得税申告書の第二表の「所得の内訳」、「総合課税の譲渡所得、一時所得に関する事項」には直接入力ができません。

「所得の内訳書」が不要であれば、所得税申告書画面のメニューバー［基本情報］＞「帳票選択情報」で所得の内訳書のチェックを外し、F5［保存］をクリックしてください。
第二表に直接入力できるようになります。