本人親族情報の画面で、扶養から外れた配偶者、扶養親族の情報を削除する方法を教えてください。

所得税申告書画面のメニューバー［基本情報］＞「本人親族情報」を開きます。
削除したい親族情報の先頭にあるチェックボックスにチェックをし、画面右下の［選択した親族を削除］をクリックします。
指定した親族情報が削除されます。

詳細はこちらをご参照ください。