NPO法人・社会福祉法人の法人税申告書を作成する場合、法人区分は何を選べばよいですか？

公益性があるかどうか、営利目的であるかどうかにかかってきます。

公益性が認定されていれば「公益社団法人・公益財団法人」、
非営利目的であれば「非営利型の一般社団法人・一般財団法人」、
それ以外であれば「一般の普通法人」に該当します。
下記もご参考ください。
http://www.gyoukaku.go.jp/siryou/koueki/pdf/pamphlet.pdf