登記上の納税地と実際の事業所が、異なる都道府県にあります。地方税は実際事業を営んでいる都道府県に提出したいです。どうしたらよいですか？

登記上の所在地は、基本情報＞顧問先情報(申告書用)＞法人税基本情報タブの、納税者情報(申告書用)の住所欄に入力してください。
実際の事業所の住所は、法人税申告書の基本情報＞事業所情報＞1行目の「本店」の住所に入力してください。