別表十六に償却が終わっているはずの資産が超過額として(43)償却超過額＞当期損金認容額＞償却不足によるものに連動されてしまいます。どこを確認したらよいですか？

01償却資産管理＞80資産入力＞固定資産台帳(簡易版)などで、該当の資産をダブルクリックしてください。
資産入力画面の最下行の「当期損金認容額」が空欄になっているかご確認ください。
こちらに金額があると別表十六の超過額欄に連動されます。