減価償却データで特別償却限度額を入力をしましたが、法人税申告書の特別償却の付表(三)には連動はされないのでしょうか？

特別償却の付表(三)への連動はありません。お手数ですが、手入力をお願いいたします。なお、減価償却からの連動で別表十六については特別償却限度額が反映されます。