法人税基本情報タブの、代理人情報(税理士等)で「代理人選択」をクリックしましたが、「代理人　利用者識別番号(国税用）」や、「代理人 利用者ID(地方税用)」欄に番号が連動してきません。

「代理人選択」をクリックした後は、該当の税理士名をクリックしてから「はい（Y)」を選択してください。
それでも反映されない場合は、業務から選ぶメニュー＞31事務所情報＞01所員情報 で、該当の税理士をダブルクリックし、所員情報タブに切り替えて必要な項目を入力してください。
その後、改めて代理人選択をすることで反映されます。
※31事務所情報は、契約管理者・システム管理者のみ表示されます。