帳票選択画面で、別表六(二十五)　「給与等の引上げ及び設備投資を行った場合の法人税額の特別控除に関する明細書」　がグレーアウトしています。どこを確認したらいいですか？

メニューバー＞基本情報＞申告単位情報タブを表示し、[青色区分]が"その他"になっているとグレーアウトします。
使用する場合は「青色」に設定してください。
※平成30年4月1日以後終了事業年度分以前の申告書の場合、青色区分を変更して保存すると申告データが初期化されます。