社員情報登録と年末調整の本人・扶養親族情報に同じ項目がありますが、どちらの画面で入力すれば良いですか？

「本人・扶養親族情報」画面にて「扶養親族等の数」の変更があった場合は、「社員情報[扶養親族等の数]を更新しますか。」と確認メッセージが表示されます。
［はい］をクリックすることで、「社員情報登録」の「扶養親族等の数」に反映されます。