源泉徴収簿（年間）の年末調整タブで、「過不足額」が計算されない。どこを確認すればいいですか？

「社員情報登録」＞「税額・給報」タブ＞「年末調整区分」の設定で「年末調整する」を選択しているかご確認ください。
詳細はこちらをご参照ください。