給料明細書画面でメニューバー［連動］をクリックしても「過不足額を算入する」がグレーアウトしていて選択できません。

給料明細書の編集中は「過不足額を算入する」の処理がおこなえません。
編集中の場合は、画面下のF5［保存］をクリックして保存してから、メニューバー［連動］＞「過不足額を算入する」を実行してください。