前期確定データから繰越作成ましたが、科目の設定が初期化（リセット）されてしまっています。どうしたらよいですか？

会計データを前期から再繰越して、科目の残高を更新してください。
科目の連動設定（主要科目連動設定・月別の売上高等の状況の連動設定）が引き継がれます。