会計データを連動して、勘定科目内訳書を作成したいのですが、連動科目を設定することはできますか？

連動科目の設定をすることはできかねます。
会計の科目や補助科目名称をもとに連動されます。
詳細は下記オンラインヘルプをご参照ください。
https://support.a-saas.jp/hc/ja/articles/360002581176-勘定科目内訳書の作成と出力#rendou