所得税徴収高計算書（納付書）に印刷される税務署番号と整理番号はどこで設定しますか？

「会社情報登録」＞「提出先情報」より設定できます。

「会社情報登録」＞「提出先情報」＞F4［編集］をクリックします。
「所得税徴収高計算書(納付書)-税務署番号」・「整理番号 (徴収義務者番号)」欄に入力します。
F5［保存］をクリックします。

提出先情報画面の詳細はこちらをご参照ください。