従業員が退職者扱いになっていても、マイナセキュリティで表示されているのはなぜですか？

マイナンバー自動削除や廃棄期限の管理機能はシステム未対応です。

なお、扶養控除等申告書や退職所得の受給に関する申告書等については7年間の保存義務が課されていることから、申告書等に記載されたマイナンバー（個人番号）は、これらの申告書の提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年間は保管する必要があります。
以下の国税庁のサイトも合わせてご確認ください。
（国税庁FAQ）源泉所得税関係に関するFAQ