給与の支払日が正社員は25日、パートは月末など社員によって違う場合はどのように登録したら良いですか？

部門ごとに支払日を設定できます。
部門情報登録をしたあとで、各部門の支給日を設定します。
詳細は各マニュアルページをご参照ください。

部門情報登録＞部門情報を登録する手順はこちらをご参照ください。
会社情報登録＞支給日設定を編集する手順はこちらをご参照ください。