給与振込依頼書（全銀協フォーマット）の委託者コードはあらかじめ設定できますか？

設定可能です。

「会社情報登録」＞「依頼先金融機関情報」＞「委託者（依頼人）コード」に入力します。
※給与振込依頼書画面にて支給済のチェックが付いている月には、登録内容が反映しません。支給済解除をしてから「依頼先金融機関情報」を編集してください。