退職者はどのように登録すればいいですか？

社員情報登録にて以下のご設定をおこなってください。

「社員情報登録」＞「本人情報」タブ＞退職年月日を設定します。
「社員情報登録」＞「税額・給報」タブ＞住民税の徴収方法を「特別徴収」→「普通徴収」に変更します。

給与ファイルを次期繰越する際に、退職日を指定して翌年から該当の社員を削除することも可能です。
次期繰越の方法はこちらをご参照ください。