会計基本情報で課税方式を簡易課税にしていますが、売上の仕訳入力時に一般の課非区分がセットされます。

会計基本情報の課税方式の設定は、仕訳入力時の課非区分に影響しません。
仕訳入力時に課非区分を変更するか、「科目登録」・「補助科目登録」、または「摘要登録」にて簡易課税用の課非区分を設定してください。