期首残高入力画面で残高のある科目だけ一覧で表示することはできますか？

可能です。

期首残高入力画面の「全部」タブを選択して、「残高0の科目を表示しない」にチェックしてください。
※各タブにも「残高0の科目を表示しない」のチェックボックスは表示されます。