支払受者のマイナンバーは登録済みだが、支払調書の印刷でマイナンバーを「印字する」としても印字されません。

「支払を受ける者」を法定調書関係者情報から選択していないことが考えられます。
以下の操作をおこない、再度印刷内容をご確認ください。

1. 各種支払調書にて、F4［編集］＞［法定調書関係者情報から選択］をクリックします。
2. 「支払受者選択」ウィンドウで対象者をクリックします。
3. ［選択］をクリックし、F5［保存］します。