支払受者のマイナンバーは登録済みだが、支払調書の印刷でマイナンバーを「印字する」としても印字されません。

「支払を受ける者」を法定調書関係者情報から選択していないことが考えられます。
以下の操作をおこない、再度印刷内容をご確認ください。