仕訳入力時に計算されてくる内税の消費税額を訂正することはできますか？

仕訳入力、振替伝票入力画面にてメニューバー[設定]＞仕訳入力項目設定＞"内税入力時に税額を修正する"を選択してください。
仕訳入力、振替伝票入力時に"税額"欄でカーソルが止まり税額の訂正が可能となります。