登録済みの仕訳データなどには問題ありません。期中であっても会計基本情報登録画面の「消費税経理方式」を変更してください。
尚、消費税経理方式は下記のような設定内容になっています。
【税込処理】
・元帳、試算表等を表示する場合、税込金額で表示されます。（税抜金額への表示切替え可能）
・元帳の「元帳等税抜設定」は「仕訳毎税抜」に固定されます。
・個人の会計データを決算書（青色申告決算書・収支内訳書）に連動するとき、税込金額が連動されます。
・法人の場合、電子申告時に決算報告書が税込に設定されます。
・会計データを翌期に繰り越す場合、期末残高が税込金額のまま繰り越されます。
【税抜処理】
・元帳、試算表等を表示する場合、税抜金額で表示されます。（税込金額への表示切替え可能）
・元帳の「元帳等税抜設定」は「仕訳毎税抜」、「月末一括税抜」から選択できます。
・個人の会計データを決算書（青色申告決算書・収支内訳書）に連動するとき、税抜金額が連動されます。
・法人の場合、電子申告時に決算報告書が税抜に設定されます。
・会計データを翌期に繰り越す場合、期末残高が税抜金額で繰り越されます。（仮受・仮払の差額がある場合は差額分を翌期へ繰越）