間違えて入力してしまった仕訳をまとめて削除できますか？

できます。
日記帳画面等で削除したい最初の仕訳を選択し、
・連続したデータであればshiftキーを押したまま最後の仕訳をクリック
・連続していない複数の仕訳であればctrlキーを押したまま削除したい仕訳を連続してクリック
することで複数選択できます。（複数選択された仕訳の色が変わります）
複数選択後、画面右下のDEL[削除]ボタンをクリックし削除できます。